Целью деятельности Департамента является:

- высокий уровень развития и эффективное использование образовательного и научного потенциала организаций научно-образовательного комплекса Томской области.

Задачами деятельности Департамента являются:

- обеспечение интеграции системы высшего образования в региональное, межрегиональное, федеральное и  международное образовательное пространство;

- развитие инновационного сектора образования в системе высшего образования;

- создание условий для развития и реализации образовательного и научного потенциала организаций НОК;

- создание условий для вовлечения в экономический оборот результатов научной деятельности, созданных в организациях НОК;

- содействие в развитии непрерывного и дополнительного образования и подготовке профессиональных кадров (в части высшего образования).